Les CIEUX locaux sont composés, dans leur zone d’habitation respective, des communautés disposant d’un lieu de culte et d’une communauté laïque (réunissant les personnes de bonne volonté croyantes, non pratiquantes, agnostiques ou athées). Chaque CIEUX local est coordonné par un comité exécutif dirigé par les responsables de communauté et/ou leurs délégués. Ces derniers sont appelés à être les uns après les autres, coordinateur du CIEUX local. Ils le deviennent à tour de rôle tous les trois ans, sauf s’ils décident à la majorité des 2/3 de donner un nouveau mandat au coordinateur. Leur vote peut être au scrutin secret ou à main levée. Il revient au coordinateur de transmettre au webmaître du CIEUX local les dates, les programmes puis les comptes-rendus des rencontres inter-communautaires, afin de compléter régulièrement l’agenda ainsi que le rapport annuel à l’association CIEUX. Chacun des CIEUX coordonne ses activités de manière autonome et en assume la responsabilité dans sa zone d’habitation. Compte tenu du rôle pionnier reconnu au C.I.E.U.X, les CIEUX locaux font publiquement état de leurs activités au moyen du site-web de l’association et du mini-site qui leur est attribué. Chaque Comité peut ainsi faire part de son expérience et s’enrichir de celle des autres.